医院的污水，除一般生活污水外，还含有化学物质、放射性废水和病原体。因此，必须经过处理后才能排放，特别是肝炎等传染病病房排出来的污水，须经消毒后才可排放。无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，必须单独消毒使其无害化。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用作肥料。
医院污水处理的目的是通过采用各种水处理技术去除水中的污染物，以达到排放标准。现代污水处理技术，按处理程度划分，可分为一级、二级和三级处理。
一级处理：
一级处理为物理处理法，主要去除污水中呈悬浮状态的固体污染物质。经过一级处理后的污水，BOD一般可去除30%左右，达不到排放标准。

二级处理：
二级处理主要去除污水中呈胶体和溶解状态的有机污染物质，去除率可达90%以上，使有机污染物达到排放标准。处理工艺流程为一级处理加生物处理，生物处理采用活性污泥法和生物膜法等。

三级处理：
三级处理，主要是进一步处理难降解的有机物、磷和氮等能够导致水体富营养化的可溶性无机物等。主要方法有生物脱氮除磷法、混凝沉淀法、砂滤法、活性炭吸附法、离子交换法和电渗析法等。

其他处理：
普通病房等一般生活污水先经化粪池处理；传染病门急诊和病房的污水应单独收集处理；厨房食堂的污水应经设隔油设备处理；放射性废水应单独收集处理等。

消毒处理：
消毒工艺是污水处理的后一步，主要是杀灭污水中的致病微生物和粪大肠菌群，以达到排放标准的要求。