洁净室的建造，通常是在土建框架主体结构营造的大空间内，采用符合要求的装修材料，根据工艺要求进行分隔、装修成满足各类使用要求的洁净室。洁净室内的污染控制需净化空调专业与自动化控制专业共同完成，若是医院洁净手术室，还需把科研气体如氧气、氮气、二氧化碳、等送入洁净手术室；若是制药企业的洁净车间，还需要工艺管道及排水专业的配合，把药品生产所需的去离子水及压缩空气送入洁净室，把生产废水排出洁净室。可见，洁净室的建造要如下专业及工程共同配合完成。
土建专业，建造洁净室的外围防护结构。净化空调专业，通过净化空调设备、净化风管及阀门附件等组成净化空调系统来控制室内温度、湿度、洁净度、风速、压差及室内空气品质等参数。自动控制及电气专业，负责洁净室照明配电、动力配电、灯具、开关插座等器具的安装；配合净化空调专业，实现温度、湿度、送风量、回风量、排风量、室内压差等参数的自动控制。工艺管道专业，通过管道设备及其附件把洁净室所需要的各种气体、液体按要求送入室内，输配管道大多采用镀锌钢管、不锈钢管及铜管。在洁净室内明装的管道均需要求采用不锈钢管道。对于去离子水管道，还要求采用内外抛光的卫生级不锈钢管。特种装修装饰专业，特种指洁净室装修装饰不同于民用建筑。民用建筑注重装饰环境的视觉效果及丰富多彩的、错落有致的层次感、有欧式风格、中式风格等。而洁净室的装修装饰对材料要求极为严格：不产尘、不积尘、易清洗、耐腐蚀、耐消毒液擦洗、无接缝或少接缝（接缝应严密平整）对装修装饰工艺要求更为严格，强调壁板平整、接缝严密且平整光滑，不许有凹凸造型，所有阴角和阳角全部做成R大于50mm的圆弧角；窗户应与墙面齐，不应设置凸出墙面的踢脚；照明灯具应采用带密闭罩的净化灯吸顶安装（安缝隙应密封）；地面应采用不产尘材料整体制作，应平整、光滑、防滑、防静电。综上所述，洁净室的建造是多专业、多工种，各专业及工种之间需要密切配合的一项系统工程，哪个环节出现问题，均会影响洁净室的建造质量。