利用动物、植物油脂与甲醇（或乙醇）在催化剂作用下加工生物柴油，有脂肪酯化工艺、超临界酯化工艺等技术，因成本高，投入大而很少应用，zui普遍的是酸碱催化酯化法，这种在酸碱催化剂的作用下进行酯化，加工生物柴油已是大家公知的了。其工艺大多是：首先得到所谓“免蒸馏”的粗甲酯，然后进一步蒸馏分离，获得我们通常所说的生物柴油。目前国内外沿用上述酯化工艺会遭遇到诸多难题：一是工艺复杂投入大，由于现有技术是由酯化、蒸馏两大工艺组合而成，每个工序都要大量投资，例如洗涤罐、干燥罐、酯化罐、中和罐、内蒸塔、精馏塔、分离塔等等。洋洋洒洒，每产1吨油一般需要好几万元投入。故有人提出只搞“免蒸馏”的工艺，即只加工粗品生物柴油（粗甲酯），这样投入会少些，然而，虽然粗酯与柴油混合后也可以做烧火油用，但因粗酯中含有许多生物质沥青，难用于动力;而且遇到例如棉子、菜籽一类的酸化油等多种又黑又脏的原料加工油品就根本无法脱色。实际上还是迫使人们进一步蒸馏分离，投资大的事实无法改变。往往占地一大片，设备一大串，产量一点点。二是“三废”治理难度大，洗涤原料要耗大量热水、盐水等，排放这些水怎么办?其次应特别说明的是强酸催化剂只是一种氢交换触媒，不会消耗，故投多少就要排多少。这些废水含大量有害物质，这是环保难于通过的“绝症”。况且强酸、强碱时刻威胁人身安全，时刻腐蚀设备（设备的材料必须是特种不锈钢，而不锈钢是普钢的8倍以上价格!）。三是甲醇回收费用大，一般每吨原料需要甲醇用量300公斤以上，实际参加反应仅几十公斤，故很大一部分必须通过蒸馏回收;而回收的粗甲醇含量低的不能循环利用;迫使另配套精醇回收装置;而zui小的装置至少10万元左右，这对于小生产投资者来说是无法承受的。