生态环境保护信息化工程的建设目标是逐步实现污染源、污染物、生态环境质量等方面的信息共享，不断提高对重点流域、区域的环境治理水平，有效增强对环境生态和生物保护的监测、评估、服务能力；有效遏制工业污染，促进环境友好型社会建设，它zui大的挑战是既要做好跟各部委之间的协调，也要跟部内司局协调，跟业务之间协调。不仅要跟部委签协议，内部司局达到一致，将来和地方也要签协议，部级、省、地市之间数据都要交换、协调。
      生态环境保护信息化工程zui大的不同在于，它是一个跨部门、跨系统、跨业务的综合性基础项目，将由*牵头，目前涉及到国家*、*、*、*、国家*、*、*、*、质监总局、国家*、国家*12个部委，可谓声势浩大、。工程没有一个统一的实体工程，实体在具体的每个部门，每个不同的系统、不同的信息资源、不同的网络环境。zui终要使决策信息、监督信息、协同信息和业务能够共享协同。
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