制药车间不论开放式操作还是封闭式操作，洁净区的温度都是关键参数，大部分的原料、中间品、产品和工艺都能承受较大的温度范围，但随着暴露时间的增加，温度范围可能减小；通常控制房间温度是用来保证房间内人员的舒适度，制药车间洁净区的适宜温度一般控制在18—26℃之间，健康人坐着工作时，一名工人每分钟释放100000 个微粒（粒径≥ 0.3μm）。为控制洁净区温度范围，冷冻水机组的冷冻水出水温度通常控制在7—12℃；*和B 级洁净区适宜温度20—24℃，C级和D级洁净区适宜温度18—26℃。

  气锁室一般设置在洁净区的出，是用以阻隔外界污染气流和控制压差而设置的缓冲间，这些气锁室通过若干扇门对出入空间进行控制，同时还为穿、脱洁净服、消毒、净化等操作提供场所。常见的气锁室压力设计有三类：梯度式—空气从压力高处通过气锁室流向低处；正压式—气锁室位于压力处，空气从气锁室向外流出；负压式—气锁室位于压力处，空气由外向气锁室流入。、物流通道的气锁室通常采用梯度式的气锁方式，废弃物通道的气锁室通常采用负压式的气锁方式。

  相对湿度是空气中湿度与同温度下的饱和湿度的比值，较高的相对湿度会加快表面微生物和霉菌的生长速度，由此对药品质量产生影响；空调系统通常采用冷却盘管、去湿机、加湿器等进行空气的湿度处理，空气中的湿度取决于通过冷却盘管冷冻水的温度、制冷剂的蒸发温度以及去湿机、加湿机的能力决定；药品生产无要求时，相对湿度通常控制在45%—65%；*和B级洁净区适宜湿度45%—60%，C级和D级洁净区适宜湿度45%—65%。