雨水经过预过滤和存储系统后，不需要进一步的处理就可用在外部景观水、花园池塘。当雨水用在室内时，加强过滤和增加必要的消毒。例如冲洗厕所和洗衣服，使用沉淀物过滤器可以除去导致堵塞和损害阀门的悬浮物，而活性炭过滤器可以吸附可能导致变色和异味的有机物。洗澡、洗手或饮用，必须使用高强度的紫外线消毒器来杀灭导致疾病的微生物。所有的过滤和消毒设备应该zui大限度的提高性能并且减少维护的zui大型号。

紫外线消毒：典型的UV（紫外线）灭菌是由安装在石英套管（一种不阻挡紫外线的特殊类型玻璃管）内的UV发光灯来完成的。这种组合zui后安装在不锈钢管内。UV能量理论上能够杀死任何暴露在其下的水中微生物。一个好的紫外线消毒器还能时刻监测不锈钢管内紫外光剂量。

比如有一种紫外线消毒器的设计：两个紫外线灯管和石英套管安装在一个干燥的外壳内。水流流经紫外线照射的地方，一个复杂的检测系统能够测量出紫外线灯的输出剂量，并将其于水流量进行对比。去除较大的悬浮颗粒，让紫外光达到zui大曝光，能够使水中的微生物受到更多的紫外光照射。

紫外线消毒器用于雨水上的问题是，雨水虽然是一个相对品质较好的水源，但它含有溶解的有机物，铁化合物，还有大量能够吸收紫外线的磷酸盐。这种紫外线能量传输的百分比，称为UVT，而普通的紫外线消毒所需的zui小的UVT不能低于70%-75%.在比较少见的雨水消毒中，高强度杀菌器要达到杀菌消毒目的，UVT不能低于50%。

随着时间的推移，在紫外线消毒器中石英套管反而会抑制紫外线的透射。简单小型的紫外线杀菌器需要定期手动拆卸和清洗，这是一个比较麻烦的过程，也可能会破坏套管。带有UV监测的紫外线消毒器也能够反映出套管结垢问题。自动清洗型紫外线消毒器的特点是无需用户操作，定时启动紫外线消毒器内部套筒清洗刷，保证紫外线的穿透。