射频水处理器在工作时高能量的射频电场，改变细菌、藻类细胞的生存环境使其丧失生存条件而死亡，从而具有杀菌灭藻的作用。细胞膜有许多对外的离子通道，离子通道的调节直接影响细胞的功能和生命。

射频水处理器原理产生高能量的射频电场，作用于水系统管路上， 使管道内水分子产生共振，把氢键缔合的水分子团变成单个的极性，改变了水的活化性，这些极微小的水分子可以渗透、包围、溶解、去除系统中的老垢，使水中的Ca2+、Mg2+和CO32-互相碰撞，形成松软的特殊的文石晶体，由于这些晶体表面没有电荷，不再吸附在管壁上或设备上，达到除垢防垢的目的。

原理产生高能量的射频电场，作用于水系统管路上， 使管道内水分子产生共振，把氢键缔合的水分子团变成单个的极性，改变了水的活化性，这些极微小的水分子可以渗透、包围、溶解、去除系统中的老垢，使水中的Ca2+、Mg2+和CO32-互相碰撞，形成松软的特殊的文石晶体，由于这些晶体表面没有电荷，不再吸附在管壁上或设备上，达到除垢防垢的目的。