医疗机构污水中含有悬浮固体、BOD、COD，酸、碱、和动植物油等有毒、有害物质。废水水质类似于生活污水，但是较一般生活污水排放情况复杂，同时医疗机构污水受到粪便、传染性细菌=等病原性微生物污染，具有传染性，可以诱发疾病或造成伤害，具有较高的安全隐患。不同部门科室产生的废水污染因子各不相同，如重金属废水、含油废水、洗印废水、放射性废水等，而且不同性质医疗机构产生的污水也有很大不同。
医院污水消毒方式比较
医院污水消毒是医院污水处理的重要工艺过程，其目的是杀灭污水中的各种致病菌。医院污水消毒常用的消毒工艺有氯消毒(如氯气、二氧化氯、次氯酸钠)、氧化剂消毒(如臭氧、过氧乙酸)、辐射消毒(如紫外线、γ射线)。
以下是对常用的氯消毒、臭氧消毒、二氧化氯消毒、次氯酸钠消毒和紫外线消毒法的优缺点进行了归纳和比较。