蛋白检测—ELISA分析法适用于无须加工的原料性食品，但对于加工品则有局限性，因为重组基因产物会因加工处理而失活、分解或消失，使检测的不确定性增加。

 

    DNA在加工中稳定性较好，因此加工性转基因食品的检测方法常常针对DNA设计。适用于重组DNA的检测方法有DNA杂交、AFLP和PCR等。与ELISA相比，PCR灵敏度高，可用于微量分析和较多的加工品。