芬顿工艺促使工业废水中的有机物质发生分解，从而有效降低废水中的生物毒性浓度，可改善水质提高废水的可生化性。但不同的工业生产会产生不同类型的工业废水，其含有的有机物质及毒害物质成分复杂，所以，使用芬顿工艺处理不同的工业废水也会出现一定的效果差异，这是因为不同成分的有机物在不同量的芬顿试剂作用下产生的反应效果不同，同时在有机物质与芬顿试剂的混合反应中，分子会出现脱氢现象，使C-C结构断链。比如，所处理的工业废水中含有较多的水溶性高分子或乙烯化合物，那么它在芬顿试剂的作用下，就很容易产生氢基自由基断链，从而影响芬顿处理的实际效果。

     染印废水由工业印染所产生，其废水中的色素成分很高，色素沉淀物对其他水体具有很强的污染性，且这些废水的含盐量非常高，这也使工业染印废水的生化性较弱。从常规处理技术的处理结果来看，印染废水本身的需氧量浓度过高，所以处理效率及效果不如人意。芬顿工艺的优势在于可以逐步将这些有机物分解成可降解物质，此处理工艺为有效处理印染废水提供重要途径。芬顿工艺在强氧化作用下可以大大降低印染废水染料的整体色度，当前很多处理厂在处理染印废水时，除了采用一般的芬顿工艺外，还采用由芬顿工艺衍生出来的其他工艺，主要在于充分发挥其强氧化性能，比如目前许多废水处理厂常采用微电解氧化工艺，对印染废水中最难降解的蒽醌染料进行微电解，可最大限度降解蒽醌染料废水中的有机物。