利用蛋白质在等电点时溶解度zui低而各种蛋白质又具有不同等电点的特别进行分离的方法，称为等电点沉淀法。但在等电点时，各种蛋白质仍有一定的溶解度而使沉淀不*，同时许多蛋白质的等电点十分接近，故单独使用此法效果不理想，分辨力也差。

大多用于提取后去除杂蛋白，即利用变动提取液的pH值使某些与待提纯的蛋白质等电点相距较大的杂蛋白从溶液中沉淀出。实际工作中常把等电点沉淀和盐析法、有机溶剂沉淀法联合使用。