IC厌氧反应器基本原理如下：两层三相分离器人为的将整个反应区分为上、下两个区域。下部为高负荷区，即粗处理区；上部为低负荷区，即深处理区。废水在进入IC反应器底部时，与从气液分离器回流的水混合，混合水在通过反应器下部的粗处理区时，颗粒污泥将废水中大部分的有机物分解，产生大量的沼气。通过下三相分离器的部分废水由于沼气的提升作用被提升到上部的气水分离装置。气水分离装置将沼气和废水分离，沼气通过管道排出，分离后的废水再回流到罐的底部，与进水混合。经过下三相分离器的废水继续进入上部的深处理区，进一步降解废水中的有机物。最后废水通过上三相分离器进入分离区将污泥、水、沼气进行分离，污泥则回流到反应器内以保持生物量；沼气由上部管道进入气水分离器；处理后的水经溢流系统排出。
 

　　它相似由2层UASB反应器串联而成。按功能划分，反应器由下而上共分为5个区：混合区、第1厌氧区、第2厌氧区、沉淀区和气液分离区。
 

　　混合区：反应器底部进水、颗粒污泥和气液分离区回流的泥水混合物有效地在此区混合。
 

　　第1厌氧区：混合区形成的泥水混合物进入该区，在高浓度污泥作用下，大部分有机物转化为沼气。混合液上升流和沼气的剧烈扰动使该反应区内污泥呈膨胀和流化状态，加强了泥水表面接触，污泥由此而保持着高的活性。随着沼气产量的增多，一部分泥水混合物被沼气提升至顶部的气液分离区。
 

　　气液分离区：被提升的混合物中的沼气在此与泥水分离并导出处理系统，泥水混合物则沿着回流管返回到最下端的混合区，与反应器底部的污泥和进水充分混合，实现了混合液的内部循环。
 

　　第2厌氧区：经第1厌氧区处理后的废水，除一部分被沼气提升外，其余的都通过三相分离器进入第2厌氧区。该区污泥浓度较低，且废水中大部分有机物已在第1厌氧区被降解，因此沼气产生量较少。沼气通过沼气管导入气液分离区，对第2厌氧区的扰动很小，这为污泥的停留提供了有利条件。
 

　　沉淀区：第2厌氧区的泥水混合物在沉淀区进行固液分离，上清液由出水管排走，沉淀的颗粒污泥返回第2厌氧区污泥床。
 

　　从IC反应器工作原理中可见，反应器通过2层三相分离器来实现SRT>HRT，获得高污泥浓度；通过大量沼气和内循环的剧烈扰动，使泥水充分接触，获得良好的传质效果。
 

　　IC厌氧反应器具有缓冲pH值的能力：内循环流量相当于第1 厌氧区的出水回流，可利用COD转化的碱度，对pH值起缓冲作用，使反应器内pH值保持状态，同时还可减少进水的投碱量；内部自动循环，不必外加动力：普通厌氧反应器的回流是通过外部加压实现的，而IC 反应器以自身产生的沼气作为提升的动力来实现混合液内循环，不必设泵强制循环，节省了动力消耗。