1、有机污染物：粪便中含有大量含碳化合物、含氨化合物等有机物，进入水体后，严重首先使水质浑浊，水色变黄，气味变臭。在微生物作用下，大量消耗水中的溶解氧时，溶解氧被耗尽，有机物进行厌氧分解，产生多种恶臭物质，水体变黑发臭，水质恶化，不能饮用。
 

　　2、氮、磷营养物质污染：氮、磷是排泄物的主要营养物质污染物。在有机分解过程中，有机物氮、磷还要被矿化为无机的氮、磷。多数含氮化物被氧化成硝酸盐，其中一部分滞留在表土层，另一部分则渗入地下，日积月累则会污染地下水源。含磷过多的污水流入河沟和池塘，使水体富营养化，可使藻类等浮游生物大肆繁殖疯长，导致水中溶解氧含量降低并产生多种毒素，直接影响鱼类生长。由于藻类大量繁殖，加大了水的浑浊度，使水生植物和藻类的光合作用发生障碍而死亡，死亡的藻体和水生植物在厌氧条件下腐烂分解，导致水体恶化，从而危害生态环境。
 

　　3、矿物质元素污染：在畜禽养殖行业，为增强畜禽的食欲，往往在饲料中加入食盐，这导致粪尿盐分含量增多，直接影响动物健康和畜产品的食用安全，污染土壤，对农作物的生长不利。该项目的实施，将有助于改善畜禽粪便对土壤和水体的污染。鸡粪中含砂量较高，特别是种鸡粪，饲料中砂砾与贝壳的添加量就有8%，经过消化道带入粪便中。且鸡粪中含有较多的鸡毛，特别是换羽期。
 

　　“九五”以来，我国对粪便污水的处理工艺和技术进行了大量的研究和探索，对粪便污水处理进行了各方面的试验和实践，取得了行之有效的成功经验，逐渐形成了以生化为主、生化与物化相结合的处理工艺。生化法中常用的有活性污泥法、生物膜法、厌氧和好氧相结合法、水解酸化与好氧相结合等各种工艺。工程实践证实大中型场粪便污水固液分离后进行好氧处理是可行和的，对于规模小的采用水解酸化与好氧相结合的方法较为适宜。采用厌氧消化，一方面可减少能源消耗，降低运行费用，另一方面还可以回收甲烷气，并加以利用，从而达到废物利用的作用。