目前我国已建设有相当数量的医院污水处理设施，对医院污水的污染控制起到了积极的作用。但与发达国家医院污水处理状况及世界卫生组织的要求相比，我国医院污水处理水平整体较低，尤其2003年初具有高度传染性―SARS‖的爆发，对现有医院污水处理的工艺技术、装备和管理水平都提出了考验，使现有医院污水处理的不足表现得更为突出。
         医院污水，尤其是传染病医院、结核病医院污水中，不同程度地含有多种病菌、病毒、寄生虫卵和一些有毒有害物质。这些病菌、病毒和寄生虫卵在环境中具有一定的抵抗力，有的在污水中存活时间较长，当人们食用或接触被病菌、病毒、寄生虫卵和有毒有害物质污染的水或蔬菜时，就会使人致病或引起传染病的暴发流行。通过流行病学调查和细菌学检验证明，国内历次大规模传染病的暴发流行，都与饮用或接触被污染的水有关。例如1987年上海市发生甲型肝炎大面积暴发流行，系由于带有甲型肝炎病毒的粪船污染了毛蚶所致。近年来，世界上许多国家发生霍乱，暴发面积之广，死亡人数之多，为有史以来所罕见，并且发病多半在不发达国家的沿海地区，据报导，均因饮用水受到病人排泄物污染所致。
        病菌、病毒或寄生虫卵能够介水传播的主要原因是污水中病原体的含量大，另一个是病原体对环境理化因素抵抗力强，在环境中的存活率比较高。如大肠杆菌在河水中能存活21-183天，痢疾杆菌能在河水中存活12-92天，霍乱弧菌在河水中能存活0.5-92天。病毒在对环境因素的抵抗力则更强，在污水中肝炎病毒能存活70天，脊髓灰质炎能存活3-4个月，钩端螺旋体能存活30天。非典冠状病毒则仅能在污水中存活3-4天。非典冠状病毒对环境的耐受力虽然不比肝炎病毒、痢疾杆菌更强，但由于其发病急、传播快、死亡率高，更加以找不出病源和传播途径、对应手段和治疗方法，因此，曾在精神上给人们很大的困扰。
        医院废水处理工艺主要有以下几种：
      （1）一级处理工艺
       常规一级处理的目的主要是去除污水中的漂浮物和悬浮物(SS)，为后续处理创造条件。其主要设备和构筑物是:格栅、沉砂池、沉淀池等。格栅可去除污 水中较大的颗粒物质和漂浮固体物质。沉砂池可以去除0.2mm 以上的沙粒，沉 淀池可去除污水中大部分悬浮物。一般通过一级处理可去除 60%悬浮物和20% BOD5。
        医院污水一级处理和氯化消毒的典型工艺流程是：来自病区和其他含菌污水 通过排水管道汇集到污水处理站，对于粪便污水应先通过化粪池沉淀消化处理，然后进入污水处理站。处理站设有格栅、调节池、计量池、提升泵和接触池。消毒剂通过与水泵联动或与虹吸水混合后，进入接触池，在接触池内污水和消毒剂 经过一定时间的接触后达到水质净化和消毒要求之后排放。化粪池或沉淀池产生的沉淀污泥按规定进行定期消除和消毒处理，
      （2）二级处理工艺
        二级处理主要是指生物处理。生物处理可以去除污水中溶解的和呈胶体状的有机污染物.其BOD的去除率在90%以上，出水的BOD可降至30mg/L以下，同时还可以去除 COD、酚、氰等有机污染物。常规的二级生物处理技术如活性污泥法不能去除水中的氮和磷。因此，国内外开发了生物脱氮除磷的改进二级处理技术或称三级技术。它与二级处理往往结合使用，有时是对常规生物处理设施进行改造，使之具有脱氮除磷的功能。采用的技术有A/O法、A/O法、SBR法、AB 法、氧化沟和生物膜法等。
      （3）传统活性污泥法
        传统活性污泥系统多采用矩形廓道式曝气池，污水和回流污泥从池首进入，混合液以活塞流的流态逐渐向池尾流动，从池末端出水堰流出，进入二沉池，在二沉池中完成泥水分离后处理水排放，沉淀污泥回流到曝气池，进入下一个循环。
      （4）吸附再生法
       这种运行方式的主要特征是将活性污泥降解有机物的两个过程—初期吸附和生物代谢分别在两个构筑物或一个构筑物的两段中进行。
     （5）医疗污水处理SBR 法
        每个CASS反应器由生物选择区、缺氧区和好氧区三部分组成。三个区体积比大概为1:2:27。生物选择区实际上是一个容积很小的污水和污泥接触区。活性污泥由好氧区回流并在生物选择区内与新鲜污水混合、接触、创造微生物种群在高负荷下的竞争条件,选择出优势菌种,可有效抑制丝状菌繁殖,提高系统稳定性,同时活性污泥的快速吸附作用加快了溶解性基质的去除,并对难降解有机物起到良好的水解作用,还能使污泥中的磷在厌氧条件下得到有效的释放。
          缺氧取区具有辅助生物选择区对进水水质水量变化的缓冲作用,在该区主要是通过再生活性污泥的吸附作用去除有机物,去除率>80%,同时具有促进磷的进一步释放和强化反硝化作用。好氧区是微生物分解所吸附有机物的主要场所,其运行周期包括充水---曝气,充水---沉淀,上清夜滗除和充水---闲置4个阶段,不同的运行阶段及时间可根据所处理的污水水质进行调整。运行周期循环往复,反应中污水的有效容积是个变值。此法连续进水,序批运行方式如下:厌氧→缺氧→好氧→缺氧→厌氧。