原理不同：

    短程分子蒸馏是利用物料各组分在高真空条件下，分子自由程的不同来分离各组分，不需要把物料加热至沸点温度，而刮板薄膜蒸馏是利用各组分的沸点不同来分离各组分，使用温度比分子蒸馏高。

结构不同：

  短程分子蒸馏是内置冷凝器，冷凝器与加热壁的间距很小，分离的物料从仪器的底部收集；刮板薄膜蒸馏的冷凝器是外置，分离的物料从仪器顶部收集。

效率：使用短程分子蒸馏可以得到相对高纯度的组分，但是投入成本较高。