WinRHIZO根系分析系统主要用于分析根系长度、直径、面积、体积、根尖记数等，功能强大，操作简单，广泛运用于根系形态和构造研究。是一套用于洗根后的专业根系分析系统。

    WinRHIZO根系分析系统的原理是利用高质量图形扫描系统提供高分辨率的彩色图像或黑白图像，该扫描系统匹配专门的双光源照明系统，去除了阴影和不均匀现象的影响，有效的保证了图像的质量。采用非统计学方法测量计算出交叉重叠部分根系长度等参量，WinRHIZO根系分析系统可以读取TIFF，JPEG标准格式的图像。

    WinRHIZO根系分析系统由图像扑捉系统和根系分析系统共同组成，WinRHIZO根系分析系统专业版还可以进行根系颜色分析：根的长度、面积、体积、根尖计数、根系存活数量等研究；根系连接分析：用于根系分支角度、连通性等形态研究；根系拓扑分析：连接数量、路径长度等研究（需要根系完整）；根系分级伸展分析：记录根系整体等级分布情况（需要根系完整）等。