MitoTracker Green FM是线粒体绿色荧光染料，这种染料定位于线粒体的能力看起来不受线粒体膜电位影响。该染料可以对活细胞进行染色，但是乙醛固定后不能稳定保存。MitoTracker Green FM也可以用来对固定细胞的线粒体进行染色。
MitoTracker Red CM-H₂XRos是MitoTracker Red (M-7512)的非荧光还原态，在氧化时才会发出荧光。该染料也可以对活细胞线粒体进行染色并且其积累取决于膜电位。乙醛固定后，该染料可稳定保存。
MitoTracker® Deep Red FM是一种远红荧光染料（吸收波长/发射波长约为640/662 nm），用于对活细胞线粒体进行染色，并且该染料的积累取决于膜电位。乙醛固定后，该染料可稳定保存。
MitoTracker Red CMXRos是一种红色荧光染料，用于对活细胞线粒体进行染色，并且该染料的积累取决于膜电位。乙醛固定后，该染料可稳定保存。