一般一体化泵站除臭的方法分为吸附法、吸收法、生物脱臭法和高能离子法，其中经济是生物脱氧法和高能离子氧化法。对于吸附法就是物理常见办法，利用活性炭或者明矾等物质，将致臭物质吸收，从而防止臭气的泄出。吸收法则是利用化学方法，效率比较高，但是就是危险性较高，所以很少被采用。
生物除痒法是指污水泵站通过微生物去除水体中的氧气，生成其它不含臭味的物质，而且微生物会寄生在潮湿的载体上生长出一层薄薄的生物膜，当致臭物质流经这块微生物区域时，它就会被氧化成水和二氧化碳，从而完成臭气的除臭过程。
高能离子法利用污水泵站的高能离子发生装置，借助通风系统向散发臭气的空间输送可控的正负痒离子空气，用离子空气罩住污染源，使离子跟致臭气体反应，从而降低浓度。
生物除痒法适用于常年运行的污水泵站，高能离子法则适用于浓度较低的，流量大的泵站。