医疗废水来源广泛且具有大量的病原细菌、病毒和化学药剂，成分复杂。常见的有口腔科、各类检验室、放射科、各类实验室及病房日常生活污水等，不同科室与部门产生的污染物成分各不相同。

医疗废水的处理要经过多次消毒，主要的消毒环节一般安排在整个工艺末端，假如使用二沉池可能无法*清除一些零散的夹带病原的污泥絮体。

医疗废水具有季节性、周期性差异，水量波动较大，与医院规模、床位数、就诊人数、工作人员人数及季节等因素有关，昼夜、早晚排放量差距较大。

医疗废水中含有酸、碱、悬浮固体、COD、化学药剂和重金属等有毒有害物质，部分具有致癌、致畸或致突变性；同位素治疗和诊断产生放射性污水，存在较大的环境风险。