手术室污水处理的原则是：分质分流，局部分隔治理，把污染就近消灭在污染源。主要处理方法为沉淀与消毒。目前，我国常用的消毒剂为液氯，近年来，为了提高消毒效率及不产生二次污染多趋向采用臭氧化法消毒，消毒处理后均可达到排放标准。处理过程中产生的污泥常采用石灰消毒法及高温堆肥法进行处理。
医院污水首要来自诊疗室，病房，化验室，手术室，洗衣房，行政处理部门以及食堂，宿舍等排放的污水，首要污染物为有机污染物，病原微生物及病毒。医院污水现在只经格栅除渣及消毒后处理既排放，选用二氧化氯消毒剂，余氯和细菌学目标能合格，但有机物未被去除。为了全面合格，医院增加了曝气生物滤池污水处理工艺处理污水。考虑到该医院污水处理厂占地有限以及水中含有一定量消毒剂的特征，抉择采用负荷高，占地少，对进水有机物浓度规划适应性钱的曝气生物滤池工艺。
手术室污水处理设备采用成熟的接触氧化工艺(A/O)，工艺将前段缺氧段和后段好氧段串联在一起，在缺氧段（A段）异养菌将污水中可溶性有机物水解为有机酸，使 大分子有机物分解为小分子有机物，不溶性的有机物转化成可溶性有机物，将蛋白质、脂肪等污染物进行氨化（有机链上的N或氨基酸中的氨基）游离出氨（NH3、NH4+）。在好氧段（O段）存在好氧微生物及自氧型细菌（消化菌），其中好氧微生物将有机物分解成CO2和H2O；在充足供氧条件下，自养菌的硝化作用将NH3-N（NH4+）氧化为NO3-，通过回流控制返回至A池，在缺氧条件下，异氧菌的反硝化作用将NO3-还原为分子态氮（N2）完成C、N、O在生态中的循环，实现污水无害化处理。
手术室污水处理设备采用物理方法处理污水，不需添加药物，也不会有氯排放超标的现象，不产生后续费用。工艺中的主体为臭氧消毒＋过滤吸附。臭氧消毒，其杀菌机理是破坏和氧化微生物的细胞膜、细胞质、酶系统和核酸，从而使细菌和病毒迅速灭活。臭氧以空气为原料,对医疗机构污水中含有的病源性微生物、细菌、病毒等杀灭率在99%以上。
手术室内所有的科研污水必须通过管道输入处理池中进行消毒处理后方能排放。污水处理设备必须符合以下要求：
1、应远离治疗区和接待区，设计在较为隐蔽的地方。
2、有防腐蚀、防渗漏设施。
3、确保处理效果，安全耐用。
4、操作方便，便于消毒和清污，并有利于操作人员的安全。
