制药工业废水通常属于较难处理的高浓度有机废水之一，处理方法有生物处理技术、物化处理技术、化学处理技术以及多种方法的组合处理等,各种处理技术具有各自的优势也存在不足。

　　生物处理技术是目前制药废水广泛采用的处理技术，其中活性污泥是比较成熟的技术之一。采用生物处理技术消除有机污染物是为经济的方式，大体上包括好氧生物法、厌氧生物法、好氧-厌氧等组合方法。

　　好氧生物处理:由于制药废水大多是高浓度有机废水,进行好氧生物处理时一般需对原液进行稀释,因此动力消耗大,且废水可生化性较差,很难直接生化处理后达标排放,所以单独使用好氧处理的不多,一般需进行预处理。常用的好氧生物处理方法包括活性污泥法、加压生化法、深井曝气法、生物接触氧化法、生物流化床法、氧化沟法。

　　厌氧生物处理:目前国内外处理高浓度有机废水主要是以厌氧法为主,但经单独的厌氧方法处理后出水COD仍较高,一般需要进行后处理(如好氧生物处理)。目前仍需加强厌氧反应器的开发设计及进行深入的运行条件研究。在处理制药废水中应用较成功的有复合式厌氧反应器、上流式厌氧污泥床反应器、厌氧膨胀颗粒污泥床反应器等。