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医院的污水，除一般生活污水外，还含有化学物质、放射性废水和病原体。因此，必须经过处理后才能排放，特别是肝炎等传染病病房排出来的污水，须经消毒后才可排放。无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，必须单独消毒使其无害化。常用消毒剂有漂白粉、液氯、次氯酸钠、臭氧。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用作肥料。
一般医院污水处理采用生化灭菌法：
污水—→格栅—→调节池—→*生化池—→O级生化池—→沉淀池—→消毒池—→排放
小型医疗废水处理工艺：
沉淀+臭氧消毒+过滤=达标排放
沉淀+紫外线消毒+过滤=达标排放
沉淀+二氧化氯消毒+过滤=达标排放
