这些油墨及其清洗用的废水以简单地排放到下水道的数量作为其消耗量是个误解。不同的地区的法规对工业设备产生的废水做了规定。根据什么系统流出的废水确定适用什么法规和限制。
与水基油墨有关的废水是颜色的污染（颜料和染料）、连结料（碱性溶解物、乳剂或胶状分散的化学药品）、辅助溶剂（酒精）和填加剂（蜡、增塑剂）。带颜色的废水也可会成为美学问题。这通常是某种化学药品和颜料超过该地区和环境下最大排放允许量的质量问题。
要直接将水排放到环境中，工厂必须有可允许的污染物质的排放的许可。这个许可称为国家污染物排放系统（NPDES），有时是州立的污水排放系统（SPDES）。这些许可对污水允许排放的程度有非常严格的限制，并要监测排放的污水，定期测试水的受体，保持和报告所做的记录。
设计曝化的系统只能处理卫生废水。工业废水不能排放到曝化池或曝化系统中。将工业废水排放到曝化系统中可导致地下水污染，还需要高成本的清洁。在只能依赖于曝化系统处理废水的地区，废水处理并不是所需的选项。在一些非常严格的区域，处理过的工业废水不能排放到曝化系统中。
排放到公共的污水处理厂（简称POTW）是印刷厂的废水处理方案。一些污水处理场需要所有企业排放处理过的废水，以达到当地的排放许可，有的地方要有根据当地法规让污水处理厂接受印刷废水的协议。排放到污水处理厂的废水应该遵守当地的法规或是设备的允许限制。
柔性版印刷车间大多位于用水和排水不紧张的城市，在乡下的一般就没有这些规定了。工业化在许多城市地区拉宽了处理的限制和污水处理厂的能力。不过，不管印刷厂要把污水排放到什么类型的系统，最好还是把大量废水在第一场所进行处理。
宣城印刷油墨废气处理设备 蓝阳自产自销使用水基油墨的柔性版印刷厂处理生产后的废水的最实际的方法是：
·用连续的或批处理的工艺处理进行化学分离。在调整pH值后，固体（颜料和树脂）通过絮凝沉淀成软泥。然后用纸过滤将软泥与水分开，进行脱水再丢弃。如有过滤的压力机可进一步除去水分，再丢弃脱水后的泥块。
·连续的排放处理是类似于上面所述的化学分离工艺。
·微过滤、超滤、毫微波和反向渗透。这个过程就像是哺乳动物的肾。将废水通过有机的膜和无机的膜，每小时可处理0.1到5000升水。这个过程基本上能将水（或任何具有相同分子量或更小分子量的物质）除去。用后膜碳过滤装置除去氨。这种处理方法在膜上不必花费二次处理的成本。干净的水可用于其他领域（例如作为生产的一部分）。
·使用活性的棕碳进行生物吸收处理；用部分流量或全部流时进行脱盐和碳的重新活性化（加上斜坡反应器、漂浮、过滤、软化、反向渗透、旋转滚筒表面等）。
·氧化技术，通过分子化系统提供氧化和臭氧/紫外线氧化。
要处理的废水的质量和数量通常确定了在某个生产场合选用何种方法。对于几乎所有产生废水的柔性版生产厂家，化学分离比较合适，较不昂贵的中短期的减少废水或根本没有废水问题的方案。从带式过滤器走处理要根据废水处理的数量和质量来选择，所处理的水的质量由当地排放的限制所决定，也由印刷厂是否计划重新使用这些水来清洁或用于其他目的来决定。
很多印刷厂选择只处理它们的废水处理，而将废墨处理作为废物管理的另一部分时，也有一些厂子选择直接将废墨直接加入废水中。这一般会增加水中悬浮物的数量，需要更有效的、更昂贵的方法来处理在化学处理中产生的污泥。最后，会有更多的废水需要进行处理。
虽然许多公司已经提供了简单地过滤方式作为处理废水、除去固体物和一些颜色的方法，但是大多数废水是柔版印刷和清洗时由油墨、水和清洗液产生的乳化液。要有效地处理这种废水要先通过化学分离打破乳化液，然后用物理方式过滤所产生的物质。
有不少化学药品可用来打破这种乳化液，然后进行下列处理：
·中性化——调整PH值，使其回到中性的范围。
·吸收——从水中吸收所选择的化学药品和悬浮的固体。
·凝结——在凝聚中不断积累。
·掩埋——无毒害的工业垃圾掩埋法处理化学物质的固态物。
·物理的过滤——使用带式过滤器或过滤器在废水超过这个范围时最好要进行预处理监测和调整pH值，才能经得起药剂的有效的性能。可能需要先调整排放污水的pH值才能排放，以满足排放的标准。
水似乎是廉价的，可随意取得和使用。如果把水的获取、使用和处理的整个成本*考虑进来，通常会发现水是多么的昂贵。从市政系统得到的水的成本每百万加仑为125美元，得到的水每百万加仑1000美元。水的处理（或是污水排放）的成本为每百万加仑600美元到4000多美元。通过减少水的用量，工厂可减少用水的开支，以及排放的费用。减少水的用量包括减少用量和再循环使用。从环境保护的观点，这两种方案里减少用量通常比再循环更好。
确定在何处使用和用多少是很有用的。设计一个工厂用水图（水使用的流程图），定期检查水进多少和出多少，然后找出改善的方法。用这个图来做出一个保持水用量的程序。最好能在主要使用点安装水表，按一定时间间隔读表，用掉的水。根据方方面面的操作，做出一个厂方用水的预算，以便跟踪和遵守。
培训厂里的人员，以减少水的使用。通过培训印刷机操作人员做到以下各点可减少清洗过程中所用水的数量。
·尽可能将油墨回收到容器里。
·*擦净印刷机部件后再用水清洗。
·（在油墨干燥之前）迅速清洗输墨装置可增加清洗效率。
·使用低流量的
·使用限制水流量的设备。
印刷机的清洗可改成下面的三步清洗工艺，目的是使用废水。
·第一步：大部分油墨用脏水除去。
·第二步：第一步骤所剩下的油墨用较不脏的水清洗。
·第三步：剩下的油墨用清水冲洗。
在第一步所用的水太脏了，不能用了。第二步骤的水可给第一步骤用，第三步骤的水供第二步骤用 ，第三步骤用清水。
有些公司发现经过过滤的废水如果污染程度不高的，必要时可用来稀释油墨。