食品厂净化车间内微生物等不可见污染物的控制之所以比较困难，原因在于微生物的无处不在。空气中、衣物上、毛发间、设备表面等等，都可能成为微生物滋生的温床。因此，净化车间要想避免微生物污染的出现，就必须要做到以下几点。

　　1，未雨绸缪，在建造之初进行严格控制。食品厂净化车间的建设施工至关重要，是保障食品生产安全的重要场所。因此，车间建设施工时，除了要确保坚固耐用、易于维修外，还要方便清洁、具有防污染等。例如：车间使用无毒、不渗水、不吸水、防滑、无裂隙且易于清洗消毒的建筑材料；车间要分别设置人员通道及物料通道，避免交叉感染；与外界相连的通道、管路、通风口等均应该安装防护网及防虫设施。总之，食品厂净化车间在建设施工之初就应该满足食品生产工艺、卫生、设备养护等需求。

2，严格管理，在车间运行过程中杜绝微生物污染。食品厂净化车间使用过程中人员及物料的进出很容易造成微生物污染。因此，必须对此进行严格控制。首先，在人员进出时，必须要经过更衣、整容、消毒、风淋等一整套严格的净化流程，才能进入车间操作。其次，物料进入车间时，也必须经过风淋通道去除表面附着的尘埃等，杜绝微生物进入净化车间，降低食品安全问题的发生几率。