牲畜粪便和农场废水是宝贵的资源。经过厌氧消化处理后，既可实现无害化，又可回收沼气和有机肥。因此，沼气工程的建设将是中小型农场粪便废水处理的良好选择

好氧处理：好氧处理是指利用好氧微生物处理养殖废水的过程。好氧生物处理可分为好氧处理和人工好氧处理

好氧生物处理是利用水体和土壤中的微生物对废水进行净化的方法，也称为自然生物处理，主要包括水净化和土壤净化。前者主要包括氧化池（好氧池、兼氧池、厌氧池）和养殖池；后者主要包括土地处理（缓慢渗透、快速过滤、表面溢流）和人工湿地。自然生物处理法不仅基建成本低、电耗低，而且对有机物、氮、磷等难以生物降解的营养物质和细菌的去除率高于常规二级处理，有的可以达到三级处理的效果。另外，在特定条件下，与污水灌溉相结合，可以实现污水的资源化利用。这种方法的缺点是占地面积大，处理效果易受季节影响。但是，如果农场较小，附近有废弃的沟渠、池塘和海滩可供利用，则应尽可能选择这种方法，以节省投资和处理成本。人工好氧生物处理是采用人工强化供氧来提高好氧微生物活性的废水处理方法。主要包括活性污泥法、生物滤池、生物转盘法、生物接触氧化法、序批式活性污泥法、厌氧/好氧（A/O）法和氧化沟法。从处理效果来看，接触氧化法和生物转盘法的处理效果优于活性污泥法。虽然生物滤池的处理效果也很好，但容易堵塞滤池。氧化沟和a/O工艺属于改良活性污泥法。氧化沟出水水质好，污泥产生量小。也可用于污水脱氮处理，但BOD负荷小，占地面积大，运行成本高。A/O本体是既去除BOD又去除氮的活性污泥处理工艺。该方法投资大，但处理后的水容易达到排放标准。因此，对于养殖规模大、废水量大、经济能力强的养殖场，可选择a/O法；对于中型养殖场，可选择接触氧化、生物转盘等好氧处理工艺。