纯水设备无机化合物中包括了钙盐和镁盐，这些物体很有可能导致“暂时性”或“性”硬度；二氧化碳，它在溶解后会形成弱酸性的碳酸；钠盐；从沙质河床浸出的硅酸盐；来自矿物质和锈铁管的二价铁和三价铁化合物；来自含盐杂质的氯化物；来自所投放的化学品和矿物质的铝；来自洗涤剂的磷酸盐；来自肥料的硝酸盐。纯水处理设备生产厂家
 

　　根据天然水的来源，可能还存在其它许多离子。即使是微量无机离子也有可能起到催化剂的作用，从而影响有机和生化反应。
 

　　溶解性有机化合物
 

　　水中的有机杂质主要来自生物。腐烂的植物质会释放出包括胡敏酸、富啡酸、鞣酸和木质素等副产物。农业、造纸、家庭和工业废弃物也有可能释放出有机化合物，这包括洗涤剂、脂肪、油料、溶剂及农药和除草剂残留物。此外，水中有机物可能包含来自管道、储罐和净化介质的化合物。溶解性有机物可能干扰分析技术并影响生物学实验，比如细胞培养。在用于配制液相色谱洗脱液的水中，哪怕是存在微量杂质也会导致基线不稳定、降低灵敏度和分辨率并且缩短储存期。

　　微生物和生物分子
 

　　细菌是造成天然水污染的主要微生物。氯化可以有效去除有害细菌，但饮用水中仍会含有活性微生物，比如，实验室中的饮用水细菌水平一般为每毫升10个集落生成单位(CFU/ml)或更低。通过在水中保留一定量的残余氯或其它消毒剂，通常可以将细菌含量抑制在较低水平；然而，一旦这些消毒剂在水纯化期间被去除，细菌便会获得繁殖机会。细菌可能直接或通过它们的副产物(比如热源、碱性磷酸酶或核酸酶)来干扰实验。
 

　　溶解性气体
 

　　饮用水同空气之间保持着一种平衡状态，因此，它会含有溶解性气体，比如氮、氧和二氧化碳。在纯水中，二氧化碳会分解成弱碳酸
 

　　这种弱阴离子会降低阴离子交换树脂的交换容量。溶解性氧通常只会在需要避免形成气泡时才会成为问题。氧的浓度可能影响特定的生化反应，在那些在敞口容器中使用纯水的应用中，它会迅速与空气中的气体达到再平衡。氧和氮都可以形成气泡，而这会对某些过程造成不利影响，比如颗粒计数或分光测光操作。
 

　　在科研和医疗应用中，水纯化方法的总体目标是：去除饮用水中的杂质，同时尽量减少净化系统的组件和细菌繁殖所带来的额外杂质。