次氯酸钠属于高效的含氯消毒剂。含氯消毒剂的杀菌作用包括次氯酸的作用、新生氧作用和氯化作用。次氯酸的氧化作用是含氯消毒剂的最主要的杀菌机理。含氯消毒剂在水中形成次氯酸，作用于菌体蛋白质。次氯酸不仅可与细胞壁发生作用，且因分子小，不带电荷，故侵入细胞内与蛋白质发生氧化作用或破坏其磷酸脱氢酶，使糖代谢失调而致细胞死亡。
    R-NH-R+HC10-RNC+H₂O（细菌蛋白质）
    次氯酸钠的浓度越高，杀菌作用越强。而次氯酸钠在水中能解离为次氯酸
    NaC10+H₂O-NaOH+HC10
    所以说次氯酸钠溶液是一种高效的消毒液。