制药废水由于其污染物浓度高，水质复杂，水质水量变化大，且含有多种抑制废水生物处理物质，特别是含有多种抑制厌氧生物处理的物质。因此，长期以来是我国医药界和环保工程界的一大难题。 

药品按工艺分类： 药品按其特点可分为抗生素、有机药物、无机药物和中草药4大类。目前我国生产的常用药物有2000种左右，不同种类的药物采用的原料种类和数量各不相同。此外，不同药物的生产工艺及合成路线又区别较大。 

在医药的生产过程中往往需要将生物、物理和化学等诸多工艺进行综合，因此产生的制药废水的组成 。

主生产过程排水：此排水是重要的一类废水，包括废滤液、废母液(从滤液中提取药物)、溶剂回收残液等，该废水浓度高、酸碱性和温度变化大，药物残留是此类废水的特点，虽然水量未必很大，但是其中污染物含量高，对全部废水中的COD贡献比例大，处理难度大。

辅助过程排水：包括工艺冷却水(如发酵罐、消毒设备冷却水)、动力设备冷却水(如空气压缩机冷却水、制冷机冷却水)、循环冷却水系统排水、水环真空设备排水、去离子水制备过程排水，蒸馏(加热)设备冷凝水等，此类废水污染物浓度低，但水量大，并且季节性强，企业间差异大，此类废水也是近年来企业节水的目标。需要注意的是，一些水环真空设备排水含有溶剂，COD浓度高。

冲洗水：包括容器设备冲洗水(如发酵罐冲洗水)、过滤设备冲洗水、树脂柱(罐)冲洗水、地面冲洗水等。其中:过滤设备冲洗水(如板框过滤机转鼓过滤机等过滤设备冲洗水)污染物浓度也很高，主要是悬浮物，如果控制不当，也会成为重要污染。

生活污水：与企业的人数生活习惯管理状态相关，但不是主要废水。