当化工废水生化系统受到有毒物质的冲击时，可以采取以下措施来应对和恢复系统：

1、‌减少进水量‌：通过减少进水量，可以降低系统的负荷，从而减轻有毒物质对微生物的毒性影响。这有助于降低系统中的有毒物质浓度，减少对微生物的直接伤害。

2、大二沉池的排泥量‌：通过增加排泥量，可以尽可能地将含毒物质排出系统，减少其在系统中的积累。同时，适当的回流也有助于保持系统的微生物平衡。

3、‌打捞水面上的浮泥‌：对水面上的浮泥进行打捞，可以减少浮泥对光照的阻挡，有助于改善系统的光照条件，同时也能去除一部分含毒物质。

4、‌增加系统供氧‌：通过增加系统供氧，可以促进微生物的呼吸作用，有助于微生物恢复活力，加速有毒物质的分解和转化。

5、‌生物置换‌：如果条件允许，可以通过增加剩余活性污泥排放量，实行生物置换，以增加系统中的微生物多样性，提高系统的自我恢复能力。

6、‌杜绝毒性物质进入生化反应系统‌：最重要的是防止有毒物质再次进入系统，确保进水处于正常的营养结构，使微生物能够完成正常的新陈代谢及繁殖。

通过上述措施，可以有效地应对化工废水生化系统受到有毒物质冲击的情况，促进系统的快速恢复和稳定运行‌。