当前针对餐厨垃圾饲料化的主要技术是生化制蛋白饲料，并且具有很强的可行性，但从生物发酵法生产单细胞蛋白饲料角度对公共餐厨垃圾饲料化的可行性进行论证，发现仍然存在不少问题。

1、同源污染风险仍然存在。针对当前国内典型的加工工艺，国内实际上是将生物蒸干与生物发酵结合，由于微生物作用时间短、处理效率低，导致饲料产品中仍有大量未被降解的餐厨动物源性成分，作为动物饲料使用时仍可能存在同源性污染的风险。

2、周期长、菌种安全性不高。餐厨垃圾经粉碎、脱水等工序后，再混合接种酵母和微生物菌种，然后进行固体发酵等一系列工序生产高钙酵母蛋白饲料。这种方法，投资少，见效快，操作简便，但存在菌种的杀毒所需要时间长、饲料生产周期长、菌种管理的安全性不高等问题。

3、菌种发酵环境要求高，难于控制。利用固态发酵的方法，采用多种酵母和霉菌混合发酵对城市餐厨垃圾进行处理，制造富含菌体蛋白的饲料。在利用双菌固态发酵处理餐厨垃圾时，发现菌种发酵效果的好坏，还受到接种量、接种方式、接种比例、发酵基质成分等多方面影响。此外，在餐厨垃圾中往往含有数量不等的食盐。微生物生长需要与之细胞大致相等的渗透压，超过一定的限度和骤然改变参透压，对微生物的生长是有害的，甚至会引起微生物的死亡。