样本间交叉污染

主要是在采（取）样的过程中，由于取样工具之间的交叉造成污染；或者在核酸提取的过程中，由于移液器、离心管等使用不当导致的污染。 

PCR试剂的污染

主要是在PCR试剂配制过程中，由于移液器、容器、阴性对照及其它试剂被核酸模板或阳性对照污染。

克隆质粒的污染

在实验室操作中经常会用到阳性参考品，这些阳性参考品大多数是由某些克隆质粒制作而成，克隆质粒在单位容积内浓度高，不小心使用极易造成污染。

PCR扩增产物污染

这是PCR反应中zui主要zui常见的污染问题。因为PCR产物拷贝量大，远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物污染，就可造成假阳性结果。还有一种容易忽视，zui可能造成PCR产物污染的形式是气溶胶污染，在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶，据计算一个气溶胶颗粒可含4.8万拷贝，因而由其造成的污染是一个值得特别重视的问题。