如磷、氮及生物难以降解的有机污染物、无机污染物、原体等需进一步去除二级处理未能去除的污染物。因而不能满足要求较高的排放标准，如处理后排入流量较小、稀释能力较差的河流就可能引起污染，也不能直接用作自来水、工业用水和地下水的补给水源。常见的微生物燃料电池可分为单室微生物燃料电池、双室微生物燃料电池。排泥量少，只需三个月排一次泥。经过二级处理后，废水中的去除率可达90％，一般可达到农灌标准和废水排放标准，故二级处理是废水处理的主体。生物膜法的处理设备有生物滤池、生物转盘、生物接触氧化池以及生物流化床等。废水经一级处理后，一般达不到排放标准去除率。二级处理是采用生物处理方法及某些化学方法来去除废水中的可降解有机物和部分胶体污染物。具有良好的混凝效果，色度、去除率高，同量可在很大程度上提高废水的可生化性。