在磷矿选矿过程中，正浮选是在碱性条件下进行的，其操作pH值一般大于9。反浮选是在酸性条件下进行的，通常pH值小于7。无论哪种浮选方法产生废水，直接排放都会改变水体原有的pH值，阻止水体微生物的增殖，毒害水生动植物，影响水体的自净，还可能腐蚀建筑物和船舶。另外，有机浮选材料不易降解，且停留时间长，影响较大。废水中含有重金属离子，造成重金属污染。磷过量还可能导致水体富营养化和环境问题。大量悬浮物沉积，可能堵塞和腐蚀管道，影响正常生产，造成损失。由于ca2+和mg2+离子含量较高，水不仅会使水质变硬，还会使浮选泡沫变粘，降低浮选精矿指标，难以直接回用。磷矿选矿废水的有效净化和循环利用是一个难题。

目前，选矿废水的处理方法主要有：双碱法、化学混凝法、电化学法、生物法等。每种方法都有其优缺点。例如，在化学混凝法的处理过程中可能会引入其他杂质离子。电化学设备制造难度大，成本高，难以大规模应用。关于生物方法的报道很少。目前，还没有大规模应用的例子。生物法处理选矿废水尚不成熟，存在处理周期长、成本高等缺点。

磷一方面会引起水体富营养化，另一方面又是植物生长*的因素。目前，约80%的磷矿用于生产各种磷肥，其余用于生产黄磷和其他磷酸盐。应用领域涉及化工、轻工等工业部门。然而，随着磷资源的大量开发和消耗，磷的性质及其在生命中的不可替代性决定了磷资源的循环利用将成为未来可持续发展过程中亟待解决的问题。因此，污水除磷的目标是从污水处理的各个环节回收利用磷资源。