目前，自然水体的富营养化日益严重，水体富营养化一般采用的指标是：氮含量超过0.2~0.3mg/L，磷含量大于0.01~0.02mg/L，BOD大于10mg/L，pH值7~9的淡水中细菌总数超过10万个/mL，叶绿素a含量大于10ug/L。
水体的富营养化会导致水体中的藻类物质大量繁殖，而藻类物质中均含有叶绿素a，且含量较为稳定，易于人工测定。所以，叶绿素a是估算浮游植物生物量的重要指标，可以通过测定水中浮游植物叶绿素a的含量，掌握水体的初级生产力情况和富营养化水平。
在环境监测中，叶绿素a含量是评价水体富营养化的指标之一，控制富营养化和藻类生物量，揭示富营养化的内在实质。叶绿素a的含量越多，说明水体富营养化越严重。其中，当叶绿素a的含量大于10ug/L则说明水体已富营养化。
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