生物安全防护水平为二级的实验室（BSL-2实验室）适用于操作能够引起人类或者动物疾病的微生物，但这类微生物在一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害，传播风险有限，被感染后很少引起严重疾病，并且具备有效的治疗和预防措施。BSL-2实验室与BSL-1实验室的主要区别在于：①操作致病微生物；②实验活动种类多；③实验室感染概率高，后果一般不严重。

生物安全二级实验室操作对人类或者动物致病的微生物，有生物风险。而且，这类实验室众多、工作量大、工作种类多、样本复杂、从业人员多、未知因素多、安全意识相对弱，是生物安全事故发生概率的一类实验室。据统计，原因不十分明确的感染事件占所报道事件的80％以上。经手感染(还包括直接或间接污染其他部位导致的感染)和呼吸道感染可能是最主要的风险。

风险等级为Ⅱ级的病原，可对个体产生不同形式和不同程度的损害，甚至导致死亡。由于样本复杂，可能包含未知病原或高风险等级的病原，有导致严重后果的潜在危险，包括在个体之间的传播。比如，北京的实验室SARS病毒感染事件就是发生在生物安全二级实验室。

1、工艺设计上BSL-2实验室宜实施一级屏障和二级屏障，有条件的应区分人流、物流，实验人员应该经过基本的更衣、缓冲进入主实验室。物品经过真空吹扫，通过传递窗进入主实验室。

2、公用工程的设计上BSL-2实验室可采用机械通风并达到一定的净化级别（通常为万级即可），如果采用机械通风，应满足合理的压差梯度，通常相邻房间之间的压差梯度应达到10Pa，主实验室相对于大气压为负压。