1.同工酶分析

同工酶分析可以鉴别细胞的种属来源。对待测细胞系的乳酸脱氢酶、6-磷酸葡萄糖脱氢酶、核苷磷酸酶和苹果酸脱氢酶的同工酶进行PAGE胶检测，通过与指示细胞比对，确定细胞系的种属来源和有无交叉污染。

2.染色体检查及核型分析

染色体核型分析可用于鉴别细胞的种属来源。用于生物药生产的新建株及其细胞库必须进行染色体检查。进行了遗传修饰的按照新建株进行检查。

3.PCR法

PCR法可以鉴别细胞的种属来源。保守基因细胞色素b（CYTB）和氧化酶1（CO1）在不同种属间具有较大差异，被用来进行种属的判断。

4.重组细胞遗传稳定性测试

使用限制性内切酶图谱进行插入位点检测；对mRNA/cDNA进行测序以检测插入片段序列；使用qPCR法检测基因拷贝数。

5.短串联重复序列分析STR法

STR法可用于鉴别种属内的细胞。不同个体来源的细胞STR位点具有多态性，据此可以区分来自于同一种属不同个体的细胞。

6.流式检测法

流式检测法可用于鉴定细胞的专属特性。重组细胞、干细胞等的鉴别可采用此法。

7.免疫荧光法

免疫荧光法可用于鉴别部分种属细胞、鉴定细胞的专属特性。

8.细胞形态鉴别

通过对贴壁细胞生长形态的观测简单判断细胞系的来源。