海洋生态系统按海底的深度和形态特点分为：

1．浅海生态系统

水深6～200m左右的大陆架范围。世界主要经济渔场几乎都位于大陆架和大陆架附近，这里具有丰富多样的鱼类。陆架区的许多海洋现象都具有显著的季节性变化，潮汐、波浪、海流的作用都比较强烈。海水中含有大量的深解氧和各种营养盐类，所以陆架区特别是河口地带是渔业和养殖业的重要场所；由于陆架区有着丰富的有机质，特别是繁殖极快、数量极大和很快死亡的微生物残骸，它们长期埋藏在陆架区沉积盆地泥砂中，在缺氧的环境下，受到一定的温度、压力和细菌的分解作用，形成巨大的海底油气田，目前世界上许多国家在大陆架上开采或正在计划开发利用这个天然的海底宝库。   

2．深海生态系统

深海带动水深2000～6000m环境条件稳定，无光、温度在0—4oC左右，海水化学组成比较稳定，底土是软相粘泥，压力很大，因为深海中没有进行光合作用的植物，食物条件苛刻，全靠上层的食物颗粒下沉。由于无光，深海动物视觉器官多退化，或者具发光的器官，也有的眼极大，位于长柄末端，对微弱的光有感觉能力，没有坚固骨骼和有力肌肉，有薄而透明的皮肤以适应高压的特征。   

3．大洋生态系统   

从深海带到开阔大洋，深于日光能透入的zui深界线。大洋面积很大，但水环境相当一致，惟有水温变化，尤其是暖流与寒流的分布。由于大洋缺乏动物隐蔽场所，所以大洋动物一般有明显的保护色。   

4．火山口生态系统

zui近，一些学者在考察深海生物时，发现了一种极为特殊的生物群落，它位于Galapago 群岛附近深海的*海嵴的火山口周围，火山口放出的水流温度高于周围200oC，栖居着生物界前所未知的异乎寻常的生物，如1／3m长的蛤蜊，3m长的蠕虫，它们的食物来源是共生的化学合成细菌，它通过氧化硫化物和还原C02而制造有机物，生产三磷酸腺苷。   

5．河口生态系统

河口湾是大陆水系进入海洋的特殊生态系统，由于许多河口湾是人类海陆交通要地，受人类活动干扰甚深，也易于出现赤潮，河口湾生态学是一重要研究领域。一般地说，河口区生物的种类组成较为复杂，多样性指数较高。   

这里需要说明的是，根据《湿地公约》的规定，把低潮时水深不超过6m的海域归为湿地范畴，所以潮间带生态系统等未划入海洋生态系统范畴。但潮间带海洋植物是海洋生态系统生产者的重要组成部分