免疫荧光试验（1F）用于炭疽与蜡样芽孢杆菌繁殖体的鉴别表明：对于吸附反应能否*消除交叉反应，目前报道不一。IF与其他血清学诊断方法相比优势在于，能检测菌群抗原异质性。遗憾的是，人工微量流式记数速度太慢，敏感性也随之下降。为提高其敏感性，采用流式细胞记数仪进行记数。

另外，荧光与偶联物的稳定性、IgG分子内聚集可能影响试验的性。结果表明，炭疽与蜡样芽孢杆菌芽孢较难区分，用带有蜡样芽孢杆菌芽孢偶联物进行吸附可大大减少炭疽和蜡样的交叉反应，此时蜡样芽孢杆菌芽孢的荧光强度不超过炭疽芽孢杆菌芽孢对照的14％。免疫荧光试验多克隆抗体检测芽孢表面抗原。当使用有交叉反应的抗体时，免疫荧光检测由于观察结果的主观性，可能对结果估计过高。定量荧光强度可克服该缺点，但需大量人力。

定量间接免疫荧光试验采用普通光学显微镜增加光纤、测光系统。荧光定量过程中发现使用荧光素蛋白A（F-PA）比荧光素／羊抗兔蛋白（F-SAR）与芽孢结合率高两倍，可代替F-SAR行使其功能。目前，免疫荧光检测多采用显微玻片和微孔板两种载体。多点显微镜玻片与聚乙烯、聚苯乙烯相比本底低、信噪比高。