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长链非编码RNA测序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中大部分的lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行深入分析,从而快速准确地获得与特定生物学过程(例如发育、**等)相关 lncRNA信息。
数据分析内容
标准分析项目
1) 去除接头序列、低质量序列,得到高质量数据;
2) 与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA(rRNA)数据
3) 转录本组装;
4) 鉴定已知转录本(包括已知lncRNA)和新转录本;
5) 预测新的lncRNA;
6) lncRNA定量及差异分析(需至少2个样品);
7) lncRNA差异表达模式聚类;
分析项目
基于互补序列的lncRNA-mRNA互作分析;
构建重要的lncRNA-mRNA网络图;
网络拓补学分析及网络模块分析;
功能富集分析;
ceRNA预测分析;
样品要求
1.样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。
2.样品量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
3.样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥7。
4.样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5.样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。