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PCR特异性:
1.primers design
这是重要的一步。理想的,只同目的序列两侧的单一序列而非其它序列退火的primer要符合下面一些条件:
1)足够长,18~24bp,以保证特异性,当然,不是说越长越好,太长的primer同样会降低特异性,并且降低产量;
2)GC%,40%~60%;
3)5'端和中间序列要多GC,以增加稳定性;
4)避免3'端GCrich,个BASE不要有GC,或者5个有3个不要是GC。
5)避免3'端的互补,否则,容易造成DIMER;
6)避免3'端的错配;
7)避免内部形成二级结构;
8)附加序列(RT site,Promoter sequence)加到5'端,在算Tm值时不算,但在检测互补和二级结构要加上它们;
9)使用兼并primer时,要参考密码子使用表,注意:生物偏好性,不要在3'端使用兼并primer,并使用较高的primer浓度(1μM~3μM);
10)学会使用一种design software,PP5,Oligo6,DNA star,Vector NTI,Online design et al。
产品名称:胡萝卜源性成分探针法荧光定量PCR试剂盒
英文名称:
货号:XG01P4290
分类:荧光定量PCR试剂盒
储存条件:-20℃避光保存,避免反复冻融。
运输:低温、避光,快递免费送货上门。
荧光定量PCR实验步骤:
①取冻存已裂解的细胞,室温放置5分钟使其*溶解。
②两相分离 每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的lvfang,盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后,15到30℃孵育2到3分钟。4℃下12000rpm离心15分钟。离心后混合液体将分为下层的红色酚lvfang相,中间层以及无色水相上层。RNA全部被分配于水相中。水相上层的体积大约是匀浆时加入的TRIZOL试剂的60%。
③RNA沉淀 将水相上层转移到一干净无RNA酶的离心管中。加等体积异丙醇混合以沉淀其中的RNA,混匀后15到30℃孵育10分钟后,于4℃下12000rpm 离心10分钟。此时离心前不可见的RNA沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。
④RNA清洗 移去上清液,每1mlTRIZOL试剂裂解的样品中加入至少1ml的75%乙醇(75%乙醇用DEPCH2O配制),清洗RNA沉淀。混匀后,4℃下7000rpm离心5分钟。
⑤RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液,使RNA沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。
⑥溶解RNA沉淀 溶解RNA时,先加入无RNA酶的水40μl用枪反复吹打几次,使其*溶解,获得的RNA溶液保存于-80℃待用。 1)紫外吸收法测定先用稀释用的TE溶液将分光光度计调零。然后取少量RNA溶液用TE稀释(1:100)后,读取其在分光光度计260nm和280nm处的吸收值,测定RNA溶液 浓度和纯度。
实时定量PCR:
①β-actin阳性模板的标准梯度制备 阳性模板的浓度为1011,反应前取3μl按10倍稀释(加水27μl并充分混匀)为1010,依次稀释至109、108、107、106、105、104,以备用。
②反应体系如下:
标准品反应体系
序号 反应物 剂量
1 SYBR Green 1 染料 10μl
2 阳性模板上游引物F 0.5μl
3 阳性模板下游引物R 0.5μl
4 dNTP 0.5μl
5 Taq酶 1μl
6 阳性模板DNA 5μl
7 ddH2O 32.5μl
8 总体积 50μl
轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。
宋氏志贺氏菌 Shigella sonneiAcc-2(人涎腺腺样囊性细胞)
人腺上皮细胞*培养基小鼠小肠平滑肌细胞*培养基
巴固氮螺菌 Azospirillum brasilenseGBC-SD(人胆囊细胞)
人气管平滑肌细胞*培养基紫红曲霉 Monascus purpureus
Tris(三羟甲基氨基甲烷)玉米杆菌 Lactobacillus zeae
宇佐美曲霉 Aspergillus usamii爱媛链轮丝菌 Streptomyces ehimense
BC-019(人腺细胞)暂无 Escherichia coli
HA Tag IP/Co-IP Kit/HA标签免疫沉淀试剂盒苜蓿中华根瘤菌
酒假丝酵母 Candida kefyrA2780(人卵巢细胞)
人神经星形胶质细胞*培养基大鼠宫平滑肌细胞*培养基
假单胞菌 Pseudomonas sp.EL4(小鼠淋巴瘤细胞)
少根根霉 Rhizopus arrhizus红曲霉 Monascus anka
酿酒酵母 Saccharomyces cerevisiae黑曲霉 Aspergillus niger
胡萝卜源性成分探针法荧光定量PCR试剂盒1-Boc-3-氨基吡咯烷
5-溴-4--3-吲哚基-β-D-葡萄糖苷环己基盐
5-溴-2,3-氟
5-溴-2,3-氟
5-溴-2,3-氟
S-化丁酰硫代胆
S-化丁酰硫代胆
4-甲基肉桂
4-甲基肉桂
4-甲基肉桂
基因反应体系:
序号 反应物 剂量
1 SYBR Green 1 染料 10μl
2 内参照上游引物F 0.5μl
3 内参照下游引物R 0.5μl
4 dNTP 0.5μl
5 Taq酶 1μl
6 待测样品cDNA 5μl
7 ddH2O 32.5μl
8 总体积 50μl
轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。
③制备好的阳性标准品和检测样本同时上机,反应条件为:93℃ 2分钟,然后93℃ 1分钟,55℃ 2分钟,共40个循环。