医院污水处理，通常包括一级处理和二级处理。 一般地说，若处理后出水排入市政下水道，通常只进行一级处理；若处理后出水直接排入河道，则需进行一级处理和二级处理；对排放标准严的地区，为防止水体的富营养化，需进行除磷脱氮三级处理。对酸性废水、洗相废水、放射性污水等特殊的医院污水，应进行严格的收集和处理。有些地区为缓解供水紧张的矛盾，已进行医院污水的深度处理和循环利用。实际采用何种方式处理医院污水，应综合考虑污水的来源、污水的流向及当地的供水情况等多方面因素。另外，医院污水处理一个非常重要的方面，就是必须进行消毒处理，以杀灭各种病原微生物。

医院污水处理后排放去向分为排入自然水体和通过市政下水道排入城市污水处理厂两类。医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。根据中医院分类，分为传染病医院和综合医院。  

医院污水水质类似于生活污水，但成份复杂。如消毒剂，来自化验、检验、手术等各科室的重金属、试剂，以及可能的放射性同位素等。作为医院，其排放的污水中含有大量有毒化学物质和多种致病菌、病毒和寄生虫卵。它们在环境中具有一定的适应能力，有的甚至在污水中存活时间较长，若未处理或处理不当即排入水体或用于灌溉，将会污染环境，影响人们的身体健康。所以我们必须选用医院污水处理设备，把污水及时的处理掉。

医院污水处理设备适用于医院、住宅区、饭店、宾馆、疗养院、学校，矿山、工厂、车站、机场等人口密集场所的生活污水或与之类似的工业废水的处理。