微动力分散源污水处理在处理高浓度氨氮废水时不会因为氨氮浓度过高而受到限制，但是不能将氨氮浓度降到足够低（如100mg/L以下）。而生物脱氮会因为高浓度游离氨或者亚硝酸盐氮而受到抑制。实际应用中采用生化联合的方法，在生物处理前先对含高浓度氨氮的废水进行物化处理。

微动力分散源污水处理工作原理经过收集而来的生活污水首先经过格栅悬浮物的处理，再进入初沉池，在初沉池调节水质、水量的同时发挥其初步沉淀功能，沉淀污水中砂砾等沉淀物，提高其可生化性。经过初沉池处理的污水进入*厌氧池，进一步的降解污水中有机物，使得大分子复合链的有机物化为小分子单链的有机物，小分子有机物转变为甲烷和二氧化碳等。池中内置生物填料，可大大降低活性污泥的流失率，也为后续的O级好氧生化作好前处理准备。*厌氧池后再流入O级好氧池中，进行微曝气好氧反应，由于池中内置高效生物填料，好氧池中生物活性*，微生物在填料表面附着了大量的生物膜，由生物膜对污水进行交换生化处理，在这里污水的污染指数大大降低。好氧池体积负荷zui高可达3kgBOD/（m³d），污水在池内停留时间短的只有无动力的25-50%，大大缩短了处理时间及容积。而由于氧化池内溶解氧高，微生物的内源呼吸进行的较充分，合成物被充分氧化，所以出水水质好且稳定。在进水短期内突然变化，出水水质受影响很小。在经过O级好氧反应后，原水中的污染有机物已经被微生物基本消解，其出水再进入二沉池沉淀，沉淀后污泥进行回流，出水经消毒池消毒，为保证生化物的污泥浓度以及完成脱氮除磷的过程，好氧池后的混合液进行污泥回流。然后，好氧池再经过消毒池消毒处理后，出水可达标排放或回用。