医院废水处理设备采用的生物处理工艺，在总结国内外生活废水处理装置的运行经验的基础上，结合自己的科研成果和工程实践，设计出一种可地埋设置的成套有机废水处理装置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技术性能稳定可靠、处理效果好、投资省、自动化运行、维护操作方便、不占地表面积、不需盖房、不需采暖保温等优点。地面之上可种花种草，不影响周围环境。
医院污水的水质特点是含有大量的病原体──病菌、病毒和寄生虫卵。如结核病医院污水，每升可检出结核杆菌几十万至几百万个。医院污水还含有消毒剂、药剂、试剂等多种化学物质。利用放射性同位素医疗手段的医院的污水还含有放射性物质。医院污水的水量与医院的性质、规模及所在地区的气候等因素有关，按每张计一般为每天200～1000升。
医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(见水的消毒、废水氧化处理法)。
医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下专用衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。
医院污水处理过程中排出的污泥按每张计，每天平均为0.7～1升，含水95%，含有污水中病原体总量的70～80%，必须进行消毒处理。消毒方法有加热消毒、化学药剂消毒、γ射线消毒等。加热消毒的热源通常为蒸汽、电能或生物能(高温堆肥)，有的地区可以用太阳能。或者用焚烧法处理(见污泥焚烧)。化学药剂消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性钠等。用漂白粉或液氯时,有效氯用量约为污泥量的2.5%。用碱性药剂时，污泥的pH值达到12后，保持半小时以上，效果好。
