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超声波细胞粉碎机必须设置关键的仪器工作参数，主要是时间参数、超声波功率参数以及容器的选择。超声波破碎机喇叭（超声波探头）进水深度：约1.5cm，液位应大于30mm，探头应在中间，不粘墙。超声波是一种垂直纵波，插入太深时很难形成对流，影响破碎效率。
超声波细胞粉碎机跟踪显示器输出实际有效功率。有九种程序存储功能，方便用户编程和调用。“工作/间歇”比例时间循环脉冲式可调，时间范围为0.5秒至1小时，提高破碎效果，有效防止温升。带保护微探针的问题菜单，可有效防止机器因误操作而损坏。
随着生物工业的发展，对超声波细胞粉碎机的实验要求也不断提高。如样品温度的测量与控制、低温冷却样品及整机智能化程度的提高等。
