近期的研究表明一些细胞使得有益细菌能够安全地移居到新生儿的肠道中，但同时也抑制了他们的免疫系统使得他们更容易受到感染。孩子出生后的头几天是一个重要的发育时期，此时婴儿的免疫系统必须适应许多新的刺激物。这其中包括在子宫中不存在、但会随即移居到肠和皮肤等组织上的环境微生物。

    这一研究发现从根本上改变了我们对于新生儿容易发生感染的看法，表明它是由这一发育期间积极的免疫抑制所引起，而不是免疫细胞不成熟所致。这里的抑制细胞是成熟红细胞的CD71+前体细胞。研究人员发现新生小鼠（和人类脐带血）中富有CD71+前体细胞，在婴儿适应他们充满微生物的新世界时这些细胞阻止了过度活跃免疫反应。CD71+细胞表达一种叫做arginase-2的酶，后者对于免疫细胞抑制至关重要。研究人员说，这一过程通过阻止响应细菌移居出现强烈的炎症，帮助了消化以及相关的功能。

    所谓转座子，是指能拷贝并将其自身重新插入到基因组中的DNA片段，一项研究发现这种调控元件在怀孕期间能通过迁移，调控孕期相关基因的表达。研究人员也分析了类似短尾鼠的有袋动物，以及鸭嘴兽等单孔动物在内的卵生哺乳动物，此外这项研究也涉及一些非哺乳类物种，比如蜥蜴、鸡和青蛙的转录组成果。当动物们开始生育下一代的时候，子宫中大多数基因都开始增加表达，并且相比于卵生动物，随着胎盘的出现，胎生动物表现的更为明显。一些在肠道和大脑中表达的基因也开始增加表达。

    研究人员进一步还发现很多古老的转座子基因参与了孕激素结合位点相关的基因调控，这解释了激素结合转座子增多为何能促进怀孕期间大规模基因表达重组。研究发现, 母乳喂养可降低婴儿患腹泻和呼吸道感染等疾病的风险, 提高婴儿的代谢功能和免疫能力。目前人们对母乳的关注多集中在其丰富的营养成分, 如蛋白质、脂肪酸、维生素和矿物质等。然而随着实验技术和新一代测序技术的发展, 人们发现母乳与人体其他部位一样存在丰富的微生物菌群。