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在运行过程中，需严格控制进入反渗透的进水水质，控制进水的微生物量，定期分析反渗透给水、浓水及反渗透产水的细菌总数，计算细菌变化数值。当发现浓水中的细菌总数明显增加，则反渗透膜上可能发生粘泥污染。在夏季可每周对其进行细菌分析对比，冬季频度可减缓。在实际运行过程中，应严格控制加药量，防止药剂尤其是还原剂超标。因为当进水中存在硫还原菌(SBR)，亚硫酸会成为细菌营养，为细菌的繁殖提供温床。

　　2、防止膜的降解和破坏

　　芳香聚酰胺膜材质脱盐率高、通量大、操作压力要求低，并有很好的机械稳定性、热稳定性、化学稳定性及水解稳定性，但不耐游离氯，抗结垢和污染能力差。运行中需严格控制进水余氯。一般情况下可通过游离氯监测仪或ORP监测仪。监测仪对进水余氯进行监测，仪表需进行定期校验。当余氯含量超过限值时，水不能进入反渗透装置。当余氯不慎进入反渗透装置后，需用过量亚硫酸氢钠(还原剂)去除余氯。

　　3、反渗透膜进行定期清洗

　　反渗透装置每次停运前，对其进行去离子水对其进行大流量低压冲洗，可降低膜污堵速度，也可延长反渗透膜的化学清洗周期。反渗透膜达到化学清洗要求或一段时间后，根据不同，使用不同药剂对反渗透膜进行化学清洗，可使装置运行性能较为提高。

　　三、反渗透膜在水处理方面的应用

　　随着我国环境部门对环保的要求越来越高，对废水污水排放量指标的控制也越来越严格，这就导致了一些因为处理废水的费用太高，而对排出的废水不经处理就直接流放到河流或空地，对环境造成了极大地污染，还会对人们的正常用水带来污染。反渗透技术的应用从根本上改变着这种情况，利用反渗透设备在水处理中的应用不仅可以实现淡水满足循环冷却系统补充水的水质要求，而且还更为安全可靠。利用反渗透技术处理废水的费用就目前来说费用还相对较高，但对于处理过的水可以经过循环利用来说，还是比较合适的，因为这样不仅可以减少对环境的污染，还能提供可重复利用的水资源，总的来说还是较为合理的处理方法之一。

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　循环冷却水系统的补充水主要是依靠距离最近的地表水或地下水，由于人类以及工业用水的不断增多，对地下水的需求也在逐年增多，使用水量增多的同时排出的工业废水和生活污水也就较多，这就造成了地下水越来越浅，以及地下水受到的污染也越来越严重。一般情况下地下水水质硬度较大时胶体悬浮物含量较少，相反的，地下水硬度较小时胶体悬浮物含量较多，排污水经过反渗透技术的一级处理之后，水质硬度是远远小于地下水和地表水的，不但能够减少污水直接排放给大气和地下水造成的污染，还可以把经过处理之后的水作为循环补给水。

　　传统的饮用水处理大都采用混凝-沉淀-过滤-氯消毒工艺。在这一传统工艺中，混凝剂的用量大、投量难以控制，并且氯消毒还会产生致癌、致畸为了对饮用水进行深度处理，反渗透被大量采用。

　　以反渗透为主的医药用水处理工艺多为反渗透与活性炭吸附、离子交换、超滤或微滤相结合的综合处理方式，也有采用二级反渗透或反渗透与蒸馏的组合。美国药典规定：注射用水须用蒸馏法或反渗透法制取。英国及日本也将反渗透法制取医药用水录人药典。

　　纯水、超纯水是现代工业中一种十分重要的原材料，已被广泛应用于半导体、微电子、电力、化工、医药等领域。我国从20世纪80年代起在纯水、超纯水制备系统中。采用以反渗透-离子交换为主导工艺，比单一离子交换工艺，其造水成本约下降30%，节省酸、碱耗量约90%，提高树脂再生周期造水量约20倍。反渗透膜法分离技术的性，经济效益和环保社会效益已被大量反渗透工程实际运行结果所证实。