1. 与其他食品安全通用标准的混淆

例如稀奶油在食品添加剂使用标准中属于乳及乳制品，但在食品中污染物*中属于动物油脂。

 2.与SC分类系统的混淆

食品生产许可将食品分为31大类，两个分类系统只有部分类别相同。现举例说明：

按照GB2760-2014食品分类系统，肉松类（食品分类号为08.03.07.01）、肉干类（食品分类号为 08.03.07.02）、肉脯类（食品分类号为08.03.07.03）这3类归属于熟肉干制品（食品分类号为08.03.07），与酱卤肉制品（食品分类号为08.03.01）是并列的关系；肉制品生产许可审查细则（2006版）将肉制品分为5个申证单元，其中酱卤肉制品的申证单元包括白煮肉类、酱卤肉类、肉糕类、肉冻类、油炸肉类、肉松类和肉干类等，这3类食品和酱卤肉制品是从属关系。在GB2760-2014标准中，亚硝酸钠和亚硝酸钾是可以使用在酱卤肉制品类（食品分类号为08.03.01）中，不可以使用在熟肉干制品（食品分类号为08.03.07）中。因此，在判定这3类食品的食品添加剂的使用范围、使用量时应考虑周全。

在GB2760-2014食品分类系统中，料酒产品应归为调味品（食品分类号为12.0）中的料酒及其制品（食品分类号为12.07），但是料酒的SC申证单元为液态调味料，可能企业会按照GB2760-2014中液态复合调味料（食品分类号为12.10.03）来使用添加剂，或者机构在判定时也可能考虑不周。

按照GB2760-2014食品分类系统，面包属于焙烤食品中的面包类（食品分类号为07.01），不属于糕点类（食品分类号为07.02），且面包与糕点虽同属焙烤食品，两者为并列关系；而按照生产许可分类系统，面包属于糕点，两者为从属关系。

按照GB2760-2014食品分类系统，馒头属于粮食和粮食制品（食品分类号为06.0）中的发酵面制品（食品分类号为06.03.02.03），不属于糕点类（食品分类号为07.02），且馒头与糕点类分属不同的食品大类。但按照生产许可分类系统，馒头属于糕点，两者为从属关系。按照GB2760-2014糕点允许*使用甜味剂如甜蜜素、安赛蜜等，而发酵面制品不允许使用。