ssDNA/RNA环化连接酶

描述： ssDNA/RNA CircLigase 为热稳定的 DNA/RNA 连接 酶，不依赖于 ATP，可催化单链 DNA 或单链 RNA 的分子内 环化。环化反应中，要求催化底物单链 DNA/RNA 具有 5’- 磷酸基团和 3’-OH 基团。对于大于 15nt 的单链底物，该酶 都能高效的连接。 

组分

活性定义：65°C 1h 条件下，催化 1pmol 5’-磷酸化的 ssDNA
底物环化，所需的酶量定义为 1Unit。
储存：-20℃可保存 3 年。
反应实例
1. 按以下组分配制反应液
CircLigase (100 U/μl) 1 μl
5’磷酸化 ssDNA/RNA 10-100 pmol
10×CircLigase Buffer 2 μl
50mM MnCl2 1 μl
ddH2O Up to 20 ul
65°C 孵育 1h 进行环化反应。
2. 失活反应
反应结束后，可加入终浓度 10mM EDTA 终止反应。或采用
加热方式 85℃ 10min 加热失活。
使用注意事项：
(1) 环化底物 ssDNA 或 RNA 必须带有 5’磷酸基团，3’端含有 OH。
(2) 环化体系中的 ATP 浓度高于 20μM 以上时会极大抑制环化效率，甚至导致环化失败。因此建议底物为纯化产物。
(3) 由于本酶提高了耐热性，在 65℃条件下进行连接反应，在测试中 Betain 无益于连接效率提升。
(4) 本酶主要进行分子内环化连接，分子间的连接未检测到。
(5) 本酶对 ssDNA 和 RNA 的环化效率高，多数情况下，90%以上的底物被环化。未被环化的 ssDNA 可通过加入 5U的 Exonuclease I，37°C 消化 15min 去除，以获得高纯度的环化 ssDNA。未环化的 ssRNA，将稍后给出去除方案。
(6) 本酶可以连接 15nt 以上的核苷酸，更长的产物连接参数，将稍后给出测试报告及 protocol。
(7) 对于连接底物量较少的实验来讲，推荐缩小体系，而不是减少酶的用量。在小体系实验时注意体系的蒸发，可加入矿物油以防止蒸发。

一、模板DNA：PCR反应需要模板DNA，如从细胞、组织、血液中提取DNA等；

二、引物：PCR反应的两个引物，分别与模板DNA的两端配对扩增所需的特定区域，引物也可以合成为TA克隆等过程中使用到的引物；

三、dNTPs：PCR反应中需要四种dNTPs，包括脱氧腺苷酸（dATP）、脱氧胸苷酸（dCTP）、脱氧鸟苷酸（dGTP）、脱氧胞嘧啶酸（dTTP），用于细胞分裂、DNA合成         等生物学过程，用于PCR扩增的模板DNA链的延伸和扩增；

四、Taq DNA聚合酶：PCR反应需要的聚合酶，一般使用Taq聚合酶，还有一些其他种类的聚合酶如PFU、Phusion等，用于扩增DNA链；

五、PCR buffer溶液：对PCR反应具有缓冲作用，调节反应pH，硫代硫酸氢盐SDS、小分子有机化合物如甲醛，可增强PCR反应特异性，从而提高反应效率；

六、酶切体系：PCR扩增往往涉及到重组、构建和测序等等实验步骤，常常需要进行酶切操作。

七、MARK:一种分子量标准，用来判别DNA片段大小的工具。

八、DNA纯化试剂盒：用于纯化PCR反应产物；

①Oligo dT
选择Oligo dT时，要求RNA必须有Poly A，所以真核生物的mRNA都适用。适合长链甚至全长mRNA的RT，对RNA样品的质量要求较高，不要有明显的DNA污染、RNA降解和RNA断裂。假如想探索新的mRNA进行RT反应，建议推荐使用Oligo dT引物。使用Oligo dT引物要比随机引物和特异性引物的稳定性要好。
②随机引物
适合各种RNA的RT，尤其适合模板丰度很低的情况（比如某个gene表达量很低）。选择随机引物时，链cDNA合成反应中就是以所有的RNA为模板，然后进行PCR反应时设计引物进行特异性扩增。同时要注意随机引物的量和总RNA量之间的关系，一般建议每5µg总RNA的随机引物的用量为50ng，如果每5µg总RNA的随机引物的用量超过250ng，可能会导致小片段产物（＜500bp）的增加和长片段、全长产物的降低。
③特异性引物
基因特异性引物（GSP）是某个基因序列的一部分，与模板互补的引物。该引物需要结合目标RNA的已知序列进行设计。由于引物和RNA序列特异性结合，每个目标RNA都需要一套新的基因特异性引物。因此，当分析多种目标时，则需要适用更多的RNA样本。而且不同引物退火温度本来就不相同，所以一般不推荐使用。如需要使用特异性引物，建议对退火温度进行优化。