Topoisomerase I (Vaccinia virus)

描述：

该 Topoisomerase I 来源于牛痘病毒（vaccinia virus），通过基因重组方案制备纯化。其能解旋DNA的超螺旋结构，除此外其能识别并切割双链 DNA 末端 [5’C(T)CCTT↓]，并且与 DNA 形成共价连接形成稳定复合物。该共价复合物遇到DNA 的5’-OH基团后，重新连接形成完整 DNA 链。因此，使用该酶可作为 DNA 连接的有效工具，可用于 DNA 的载体连接（TOPO 克隆载体制备）、接头连接（NGS 建库）等实验。
应用
DNA-载体连接
接头连接
储存：-20°C 可保存 3 年。
TOPO 酶保存液：20mM Tris-HCl，pH7.8，150mM NaCl，
0.1% Tween20，50%甘油。
反应实例 1（质粒解旋）
10×TOPO Buffer 2.5 μl
超螺旋质粒 DNA 1-20 μg
Vaccinia TOPO (5pmol/μl) 1 μl
ddH2O Up to 25 ul
37°C 孵育 5-15min。
反应实例 2（接头连接）
10×TOPO Buffer 2.5 μl
2 M NaCl 2.5 μl
接头 A(含 CCCTT) 5-100 pmol
接头 B(含 5‘OH) 5-100 pmol
Vaccinia TOPO (5pmol/μl) 1 μl
ddH2O Up to 25 ul
37°C 孵育 5-15min。
注意：（1）双链接头 A 通常 5’做 NH2 封闭修饰，以防止自连接；接头 A 的 CCCTT 后通常包含 5-12bp 尾巴，再长的尾巴会导致连接效率大幅下降；
（2）双链接头 B 的 5’端必须包含-OH。
（3）由于该酶应用广泛，在不同的实验中使用策略不同，需要灵活运用。该类实验请根据文献）进行调整。

一、模板DNA：PCR反应需要模板DNA，如从细胞、组织、血液中提取DNA等；

二、引物：PCR反应的两个引物，分别与模板DNA的两端配对扩增所需的特定区域，引物也可以合成为TA克隆等过程中使用到的引物；

三、dNTPs：PCR反应中需要四种dNTPs，包括脱氧腺苷酸（dATP）、脱氧胸苷酸（dCTP）、脱氧鸟苷酸（dGTP）、脱氧胞嘧啶酸（dTTP），用于细胞分裂、DNA合成         等生物学过程，用于PCR扩增的模板DNA链的延伸和扩增；

四、Taq DNA聚合酶：PCR反应需要的聚合酶，一般使用Taq聚合酶，还有一些其他种类的聚合酶如PFU、Phusion等，用于扩增DNA链；

五、PCR buffer溶液：对PCR反应具有缓冲作用，调节反应pH，硫代硫酸氢盐SDS、小分子有机化合物如甲醛，可增强PCR反应特异性，从而提高反应效率；

六、酶切体系：PCR扩增往往涉及到重组、构建和测序等等实验步骤，常常需要进行酶切操作。

七、MARK:一种分子量标准，用来判别DNA片段大小的工具。

八、DNA纯化试剂盒：用于纯化PCR反应产物；

①Oligo dT
选择Oligo dT时，要求RNA必须有Poly A，所以真核生物的mRNA都适用。适合长链甚至全长mRNA的RT，对RNA样品的质量要求较高，不要有明显的DNA污染、RNA降解和RNA断裂。假如想探索新的mRNA进行RT反应，建议推荐使用Oligo dT引物。使用Oligo dT引物要比随机引物和特异性引物的稳定性要好。
②随机引物
适合各种RNA的RT，尤其适合模板丰度很低的情况（比如某个gene表达量很低）。选择随机引物时，链cDNA合成反应中就是以所有的RNA为模板，然后进行PCR反应时设计引物进行特异性扩增。同时要注意随机引物的量和总RNA量之间的关系，一般建议每5µg总RNA的随机引物的用量为50ng，如果每5µg总RNA的随机引物的用量超过250ng，可能会导致小片段产物（＜500bp）的增加和长片段、全长产物的降低。
③特异性引物
基因特异性引物（GSP）是某个基因序列的一部分，与模板互补的引物。该引物需要结合目标RNA的已知序列进行设计。由于引物和RNA序列特异性结合，每个目标RNA都需要一套新的基因特异性引物。因此，当分析多种目标时，则需要适用更多的RNA样本。而且不同引物退火温度本来就不相同，所以一般不推荐使用。如需要使用特异性引物，建议对退火温度进行优化。